Ссылка на главную страницу сайта должна иметь следующий вид:
<a href="/">…</a>
…и ни в коем разе не должна указывать на какой-либо файл, например:
<a href="/index.htm">…</a><a href="/index.php">…</a><a href="/index.aspx">…</a>
В противном случае сайт обзаводится двумя одинаковыми главными страницами — той, которую посетитель видит, набрав в адресной строке браузера доменное имя сайта (вида http://domain.com/), и той, на которую он попадает по ссылке на «главную» страницу уже со страниц сайта (вида http://domain.com/index.php).